Kjøre en R-funksjon fra Python

Mange utvikler produksjonsløpet sitt i Python mens ønsker å benytte R funksjoner i deler av løpet. Her er eksempler på to ulike måte å gjøre dette:

Det er anbefalt å bruke alternativ 1 om R-funksjon(er) er litt mer kompleks, eller involvere flere steg. Alternativ 2 kan vurderes om det er en enkelt R-funksjon som skal as i bruk i produksjonsløpet.

Kjøring av R-skriptfiler

Selvstendige R-skriptfiler kan kjøres fra Python ved hjelp av et kall til terminalen med Rscript. Med “selvstendige” mener vi programmer som kan kjøres alene uten å være avhengig av andre systemer og variabler i minne fra før. Fordelen med dette er at det vil benytte seg av renv-miljøet, i tillegg til å ha god kontroll over håndtering av datatyper, manglende data, osv., siden dette også kan sjekkes ved å kjøre programmet i R.

Vi anbefaler å bruk subprocess i python for å kjøre programmet. For å kjøre en R-skript som heter “lage_statistikk.R” vil det ser ut som dette:

import subprocess

subprocess.run(["Rscript", "lager_statistikk.R"])

Bruk av RWrapR

Python pakke rwrapr var utviklet under Hack4SSB 2024. Det har kommet ut på PYPI og er tilgjengelig for alle. Det gjøre R-funksjoner tilgjengelig direkte i Python-miljø. Det kan være en god lsøning når det er kun én R-funksjon du ønsker å bruke i en ellers Python produksjonsløp.

Det er fortsatt noen funksjonalitet som mangler, f.eks. bruk i et renv-miljø og håndtering av manglende data, så vær forsiktig og teste godt. Pakken RWrapR kan installeres fra PYPI ved:

poetry add rwrapr

Følgende viser en kort eksempel om bruk av imputerings funksjonen, ´impute_rhd()´, fra R i Python. Vi først lage noen eksempel data:

import pandas as pd
import rwrapr as wr

data = {
    'x': ["A","A","A","B","B","B"],
    'y': [None, 2, 3, 4, 3, 5]
}

df = pd.DataFrame(data)

Og så henter vi inn R-bibliotek for imputering, simputation:

simputation = wr.library("simputation")

Deretter bruker vi funksjonen impute_rhd i Python miljø:

data_imp = simputation.impute_rhd(df, formula=wr.Lazily('y ~ x'))

Mange parameter til funksjoner kan skrives på vanlig måte, mens for mer spesifike typer, som f.eks. formel som input, må det spesifiseres innen wr.Lazily(). Se mer detaljer på dokumentsidene for RWrapR.