Kjøre R på sl-stata-p3 fra SAS

Av og til har vi behov for å kjøre et R-script fra SAS. Vanligvis fordi det kun er en liten del av en stor produksjonsprosess og det er en fordel å kjøre alt innenfor ett miljø (SAS-EG). Per i dag har vi forskjellige versjoner av R på de forskjellige serverne. Det kan være en fordel å kjøre scriptet på en nyere R-versjon på sl-stata-p3 fra et SAS prosjekt.

Foreløpig fungerer dette kun med kjøring på sl-stata-p3 og ikke python server

Her viser vi et eksempel på hvordan du kan gjøre dette.

1. SAS macro

Det er laget en (felles) SAS-makro alle kan benytte som ligger tilgjengelig på Linux. Makroen heter %RunScriptFromR og er dokumentert på SSB sin SAS-wiki (https://wiki.ssb.no/display/SASDOC/Nyttige+SAS+program) og i prodsonen (Q:\Saskurs\Fellesprog\RunScriptFromR.docx). Makroen tilbyr kjøring av skript med og uten parametere og håndtering av loggfil fra R-kjøringen. Se dokumentasjon for nærmere beskrivelse.

En forenklet utgave av makroen er vist under hvis man ønsker å definere den selv i SAS. Eksempel på bruk:

Kopier følgende inn i prosjektet ditt for å definere macroen.

%macro RunScriptFromR(program='', server="sl-stata-p3",param="");

%let server2 = %sysfunc(dequote(&server.));
%let program2 = %sysfunc(dequote(&program.));
%let args = %sysfunc(dequote(&param.));

filename CliCmnd PIPE "export LC_ALL=en_US.UTF-8;
    ssh -o 'StrictHostKeyChecking no' $USER@&server2. 'Rscript &program2. &args. '";

DATA kjoring_logg;
  INFILE CliCmnd encoding='utf-8';
  LENGTH stdout $ 1500.;
  INPUT stdout $ char500.;
RUN;

%mend RunScriptFromR;

2. Lag R-scriptet og gjør det tilgjengelig

Først må du skrive ferdig R-scriptet og gjøre det tilgjengelig for deg og de som skal kjøre programmet. Det er mulig å sende med parametere til kallet (param=’’), men det er ikke påkrevet.

Her er et eksempel på et R-script som leser inn data og kjører en regresjon. Den lagrer de predikterte verdiene i tillegg til å lagre informasjon om hvilken server det kjøres på (nodename). Til slutt lagres data som en .csv. Vi kaller scriptet: run_test.R.

# Les inn  data
dt <- read.csv("~/sas_test/testdata.csv")

# Fit model and show node name
fit <- lm(y~x, data = dt)
dt$predicted <- fit$fitted.values
dt$node <- Sys.info()["nodename"]

# Save
write.csv(dt, file ="~/sas_test/testdata_output.csv", 
          row.names = F)

For å ta imot parametre i R-skriptet trenger man denne kodesnutten:

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
aar <- as.numeric(args[1])  # Konverterer det første argumentet til numerisk verdi

3. Kjøre R-scriptet fra SAS

Til slutt kjører vi macroen i SAS.Her er et eksempel på å lage testdata som en csv og lagre det som en csv.

DATA testdata;
INPUT x y;
DATALINES;
1 3.4
5 4.7
9 6.1
6 4.8
;

PROC EXPORT data=testdata
        outfile="~/sas_test/testdata.csv"
        dbms=csv
        replace;
RUN;

Deretter kjører vi R-scriptet ved å kjøre macro og spesifiserer hvor R-script ligger (det er også mulig å kjøre til egen spesifisert logg om man ønsker det):

%RunScriptFromR(program="~/sas_test/run_test.R");

Og så kan vi se på data som ble lagret fra scriptet i SAS ved å lese inn data:

PROC IMPORT datafile="~/sas_test/testdata_output.csv"
    dbms=csv
    out=test_output;
RUN;

Da ser vi at data har nå en variabel for predikterte verdiene og en variabel som viser at den har kjørt på sl-stata-p3 serveren.

Susie Jentoft, Øyvind Bruer-Skarsbø, Anna-Karin Mevik, Anita Cecilie Dal

2023-11-02

1. SAS macro

2. Lag R-scriptet og gjør det tilgjengelig

3. Kjøre R-scriptet fra SAS